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國軍為貫徹「廉能政府」政策，於98年開始研議在現有文官體制下，引進政風制度與精神，歷經多次內部及跨部會研討和學者座談，審慎討論研析後，決定於國防部部本部成立「政風室」，與同時編成之「總督察長室」依「雙軌併行、複式監督、協調互助、功能整合」運作原則，形成交叉火網，共同推動國軍肅貪防弊、整飭軍紀工作。
依據101年2月3日修正公布之「政風機構人員設置管理條例」及101年12月12日修正公布之「國防部組織法」，國防部前部長高華柱先生於101年12月28日主持國防部政風室揭牌儀式，並於102年1月1日正式編成運作。
國防部政風室屬國防部一級機構，受部長指揮及法務部廉政署督導，編制20位文職人員，設綜合科、預防科及查處科，依據「政風機構人員設置管理條例」及「國防部處務規程」規範，推動國軍廉政工作。另為因應國際透明組織有關政府國防廉潔指數評鑑工作，成立廉潔評鑑專業小組，納編2位軍職人員，共同秉持「興利優於防弊、預防重於查處、服務代替干預」之工作原則及超然獨立之立場，落實推動「強化反貪共識、健全防弊機制、精準打擊貪腐，型塑國軍廉能軍風」願景，以符合國人對國軍廉能、有紀律之殷切期待。
