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為落實清廉政府，本部於99年5月13日訂定本部廉政工作會報設置要點，並自同年7月起召開廉政工作會報。本會報作為聯繫溝通平臺，由各軍及聯參共同參與，並納編業管單位組成反貪督察組、人事紀律組、後勤紀律組、財務紀律組、採購紀律組、法律事務組、國會事務組、新聞文宣組及防貪情蒐組等9個廉政建設行動小組，依其權責執行各項廉政工作，藉由掌握機關廉政實況，精準評估機關廉政風險，營造透明乾淨的公務環境，進一步提升本部廉能成效，建立民眾對國軍清廉之信心。
111年7月4日將本部廉政工作會報更名為廉政會報，並修頒本部廉政會報設置要點。
